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La geomorfología del entorno de la cueva resulta de la actuación de procesos:
1) Litorales.- Se observan dos antiguas plataformas de abrasión emergidas por procesos tectónicos y/o descenso del mar que son la Rasa II de Pimiango (160 m), situada al norte y que se asienta sobre la Cuarcita de Barrios; y la Rasa I (50 m), situada al sur, que se asienta sobre la Caliza de Barcaliente.
2) Torrenciales.- Que han originado la aparición de cuencas y abanicos torrenciales en el frente norte de la Rasa II de Pimiango.
3) De gravedad.- Depósitos de gravedad (caída de rocas mas reptación) que han originado derrubios en las laderas de las cuencas torrenciales y en la zona del frente de la Rasa II de Pimiango.
4) Kársticos.- Dolinas, rellenos de materiales insolubles de la caliza y un valle ciego formado por coalescencia de varias dolinas sobre la Rasa I de Pimiango, bajo la cual se ubica la cueva.
La existencia de anisotropias (diaclasas, fallas) favorece a la infiltración de las aguas superficiales y de los cauces próximos, que juntas forman aguas agresivas que disuelven las rocas de litología carbonatada, generando así cuevas subterraneas.
La Cueva del Pindal se caracteriza principalmente por desarrollar formas fluviokársticas (destacando roof pendants), de gravedad (destacando los depósitos de colapso) y de precipitación química así como gran cantidad de espeleotemas (estalactitas, estalagmitas y columnas).
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